1. 抗原的結(jié)構(gòu)分析

不同的蛋白類型，選擇的方法需要多樣性。大部分情況下，蛋白C端的親水性、表面可及性和柔性都相對N端較好。蛋白的二級結(jié)構(gòu)也是預(yù)測B細(xì)胞表位重要參數(shù)之一，β轉(zhuǎn)角為凸出結(jié)構(gòu)，多出現(xiàn)在蛋白質(zhì)抗原表面，有利于與抗體結(jié)合，較可能成為抗原表位。而α螺旋和β折疊結(jié)構(gòu)規(guī)則不易變形，較難結(jié)合抗體，一般不作為抗原表位。含有5個(gè)以上的氨基酸殘基的轉(zhuǎn)角又常稱為環(huán)(loop)。以往的研究表明，蛋白表面的loop區(qū)可能為功能性抗體的識別位點(diǎn)，特異性好，可及性強(qiáng)。

Uniprot數(shù)據(jù)庫和CBS服務(wù)器預(yù)測信號肽、跨膜、表位等結(jié)構(gòu)；EX-PASY服務(wù)器上的GOR4、HNN、SOPMA、nnPredict等方法。親水性、柔韌性、表面可能性、抗原表位預(yù)測、α螺旋和β折疊可以應(yīng)用DNAstar軟件預(yù)測，同時(shí)可以結(jié)合Uniprot數(shù)據(jù)中的蛋白結(jié)構(gòu)分析。MOE軟件也可以預(yù)測蛋白的結(jié)構(gòu)，同時(shí)MOE軟件可以從多個(gè)角度分析蛋白的結(jié)構(gòu)特性。

例如蛋白A：

1.1 信號肽分析時(shí)，表明該序列無信號肽

1.2 跨膜域分析，顯示該序列全部在胞外域

1.3 亞細(xì)胞定位預(yù)測

1.4 全長蛋白各功能域劃分

1.5 蛋白二級結(jié)構(gòu)，親水性，抗原性，表面可極性，柔性分析

2. B細(xì)胞表位預(yù)測的方法及應(yīng)用

線性表位的預(yù)測方法： B細(xì)胞表位的預(yù)測方法主要集中于線性表位，大量的預(yù)測B細(xì)胞表位的算法都是基于蛋白質(zhì)序列。這些算法包括：蛋白質(zhì)的親水性算法、可及性算法、蛋白質(zhì)可塑性算法、蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測算法、蛋白質(zhì)抗原性算法。這些方法的代表軟件有PEOPLE、PREDITOP、BEPITOPE、Bcepred、ABCpred、BepiPred、APP等。

構(gòu)象表位的預(yù)測方法：絕大多數(shù)B細(xì)胞表位預(yù)測方法都是基于蛋白質(zhì)的一級或二級結(jié)構(gòu)的，但這些方法只能用來預(yù)測由連續(xù)的氨基酸殘基構(gòu)成的線性表位，而基于蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)來預(yù)測構(gòu)象表位的方法比較少，這是因?yàn)楦鞣N抗原的構(gòu)象表位可獲得的數(shù)據(jù)要遠(yuǎn)遠(yuǎn)少于線性表位。

基于蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)來預(yù)測構(gòu)象表位的方法CEP：這是第yi個(gè)以抗原蛋白的三級結(jié)構(gòu)PDB文件作為輸入條件，以構(gòu)象性表位預(yù)測為主要目的的網(wǎng)上免費(fèi)服務(wù)軟件。由于抗原抗體之間的相互作用屬于蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間相互作用中的一種，因此，可以參這些方法來預(yù)測B細(xì)胞表位。

分子對接：主要用來研究分子間的相互作用與識別，進(jìn)而預(yù)測復(fù)合物結(jié)構(gòu)。常用的分子對接軟件有ZDOCK、DOT、DOCK、ClusPro等。